Además, junto con la muestra gráfica, se restauraron los pisos originales, los techos y la pintura de la fachada del edificio.

La nueva muestra permanente aborda la historia regional desde una mirada más integral, comenzando el recorrido con la sala “Pueblos Originarios” que muestra, a través de diversos objetos arqueológicos, como era la vida de quienes habitan la Patagonia desde hace más de 10.000 años.

La segunda sala aborda la historia reciente de la región, comenzando con la interacción entre los pueblos originarios y los primeros españoles que llegan a la región, continúa con la llegada del Ejército Expedicionario de 1879, a cargo de Coronel Uriburu, y el posterior nombramiento de Manuel J. Olascoaga como Gobernador del Territorio Nacional del Neuquén. Esta sala finaliza con el abordaje de la vida de Olascoaga, pero no visto desde su rol como militar, sino como científico, dedicado al relevamiento topográfico de la región (realizó los primeros mapas de la provincia), como artista plástico que plasmó diversas acciones de los pueblos originarios con su prensa litográfica, y por último como escritor dramaturgo y periodístico.

La última sala del museo, es la “Sala Primera Gobernación” que es la sala original, la cual preserva su piso original de pinotea, sus paredes de adobe y techo de paja (todo el edificio es de adobe y posee el techo original de paja, no así sus pisos). En ella encontramos el escritorio que perteneció a la primera gobernación de nuestro territorio, junto a otros objetos asociados a la misma. Esta sala, por poseer sus pisos originales, tiene acceso restringido a 5 visitantes por turno, con el fin de evitar el alto tránsito y ayudar a preservar los materiales originales.